A rapid algorithm to describe community structure using next generation amplicon sequencing data
Ett snabbt program för automatiserad analys av mikroorganismsamhällen Mikroorganismer finns överallt i vår omgivning. De lever i alla tänkbara miljöer, från i våra kroppar till i vårt dricksvatten. Olika organismer trivs under olika förhållanden. Vi kan studera vilka organismer som lever på en viss plats för att lära oss om deras omgivning. Men för att göra det måste vi ha rätt verktyg.Recent advances in the sequencing technology has led to an increasing pressure on the computer programs used for analysing the sequence data. The programs should be able to provide accurate analysis in a reasonable time span. 16S rRNA analysis is performed by using PCR to amplify the 16S rRNA genes from bacteria and archaea in a sample followed by sequencing of the amplicons. The result is text fi