Finalizing a rapid algorithm to describe community structure using next generation amplicon sequencing data
Amplicon Pipeline - Snabb och automatisk analys av mikroorganismer Vi är omgivna av mikroorganismer. Bakterier, svampar, parasiter, de omger oss och utgör en stor majoritet av allt levande i världen omkring oss. Vi har betydligt fler bakterier i oss än mänskliga celler, och de har stor betydelse för vårt välmående. Men vi behöver rätt verktyg för att kunna studera dem. Mikroorganismer är en bråkRecent advances in the sequencing technology have led to an increasing pressure on the computer programs used for analysing the sequence data. The programs should be able to provide accurate analysis in a reasonable time span. 16S and 18S rRNA analysis is performed by using PCR to amplify the genes from microorganisms present in a sample followed by sequencing of the amplicons. The result is files