Reconstruction of Genome-Scale Metabolic Models with Concomitant Constraint-Based Modelling for Flux Prediction – a Case Study of Syngas Consuming Hydrogenophaga pseudoflava
Att modellera ämnesomsättning Alla levande celler har en ämnesomsättning. Ämnesomsättningen är unik för en given typ av cell, och omfattar de intracellulära biokemiska reaktioner som möjliggör att kemiska föreningar inuti cellen kan omvandlas sinsemellan. Ämnesomsättningen är mycket vidlyftig men tillgången på information är detta till trots adekvat nog för att skapa – eller rekonstruera – modellMetabolic modelling coupled with flux-balance analysis (FBA) has become a popular tool in systems biology for quantitative predictions of metabolic processes in silico, and as an aid in metabolic engineering. Drawing upon gene-protein-reaction associations deducible from information on the genome-level, so-called genome-scale metabolic models (GEMs) are unequalled in their scope as they attempt to